Pavol Gojdič sa narodil 17. júla 1888 v Ruských Pekľanoch, neďaleko Prešova v rodine gréckokatolíckeho kňaza Štefana Gojdiča a matky Anny, rod. Gerberyovej. Pri krste dostal meno Peter. Základné vzdelanie nadobudol v Cigeľke, neskôr v Bardejove a v Prešove. V štúdiu pokračoval na Gymnáziu v Prešove, ktoré ukončil maturitou v roku 1907. Nasledujúc Boží hlas, ktorý ho volal ku kňazstvu, nastúpil na štúdium teológie v Prešove. Keďže dosahoval vynikajúce výsledky, bol po roku poslaný na ďalšie štúdiá do Budapešti. Aj tu sa snažil viesť hlboký duchovný život. Už ako bohoslovec v seminári dostal od svojho špirituála usmernenie do života: „Život nie je ťažký, ale veľmi vážny“ – stalo sa preň akousi smernicou, ktorá ho sprevádzala celým životom. Po skončení štúdia bol 27. augusta 1911 v Prešove biskupom Dr. Jánom Vályim vysvätený za kňaza. Po vysviacke pôsobil krátky čas ako kaplán pri svojom otcovi. Po roku bol vymenovaný za prefekta eparchiálneho internátu a súčasne učil náboženstvo na meštianskej škole. Následne sa stal protokolistom a archivárom na biskupskom úrade. Ako kaplán bol poverený duchovnou správou veriacich v Sabinove. V roku 1919 sa stal riaditeľom biskupskej kancelárie.
Na veľké prekvapenie všetkých vstúpil 20. júla 1922 do Rádu sv. Bazila Veľkého na Černečej Hore pri Mukačeve, kde po obliečke prijal 27.1.1923 meno Pavol. Stalo sa tak pre jeho skromnosť, pokoru, túžbu žiť v askéze, a tak slúžiť Pánu Bohu. Božia vôľa však bola iná a tá ho predurčila na vysokú dušpastiersku úlohu v službe biskupa. 14. septembra 1926 bol menovaný za apoštolského administrátora prešovskej eparchie. Pri svojej inštalácii za administrátora ohlásil program svojho apoštolátu: „S pomocou Božou chcem byť otcom sirôt, pomocníkom chudobných a tešiteľom zarmútených“.
Prvým úradným aktom novovymenovaného administrátora prešovskej eparchie Pavla Gojdiča bolo podpísanie pastierskeho listu z príležitosti 1100. výročia narodenia sv. Cyrila, slovanského apoštola. Tak začína svoju činnosť v duchu slovanských apoštolov. Vždy verný Rímu tak, ako oni. Bol Slovanom a veľmi miloval svoj východný obrad.
O krátky čas 7. marca 1927 bol ustanovený za biskupa s titulom harpašský (Ecclasiae Harpasenae – Malá Ázia). Konsekrovaný na biskupa bol v chráme sv. Klimenta v Ríme 25. marca 1927 na sviatok Zvestovania. Po biskupskej vysviacke navštívil Baziliku sv. Petra v Ríme, kde sa pomodlil na hrobe sv. apoštola. Dňa 29. marca 1927 boli spolu s otcom biskupom Nyáradim prijatí na osobnej audiencii Svätým Otcom Piom XI. Pápež daroval biskupovi Pavlovi zlatý kríž, ktorý mu podával so slovami: „Tento kríž je iba slabým symbolom tých veľkých krížov, ktoré na teba zošle Pán Boh, môj synu, v Tvojej biskupskej službe“. Na svoju apoštolskú cestu si zvolil biskupské heslo: „Boh je láska, milujme ho!“ Ako biskup sa zaslúžil o povznesenie duchovného života kňazov a veriacich. Veľmi mu záležalo na správnom slávení bohoslužieb a dodržiavaní cirkevných sviatkov. V dôsledku nových pomerov zriaďoval nové farnosti, napr. v Prahe, Bratislave, Levoči a inde. Vďaka jeho usilovnosti bol postavený v Prešove sirotinec, ktorý zveril sestrám Služobniciam. Výrazné boli jeho aktivity v oblasti školstva, čo dokumentovalo založenie Gréckokatolíckeho gymnázia v Prešove v roku 1936. Podporoval aj učiteľskú akadémiu, seminár, internáty a podobne. Všemožne sa staral o vydávanie duchovnej literatúry, čo sa prejavilo vychádzaním časopisu Blahovistnik, Da prijdet carstvije Tvoje a rôznych modlitebných a knižných titulov, ktoré vychádzali vo vydavateľstve PETRA. Za jeho láskavý, pozorný a dobročinný vzťah k ľuďom sa mu dostalo uznania, keď ho nazývali „mužom zlatého srdca“.
Devízou biskupa Pavla bola aj vrúcna láska k Eucharistickému Spasiteľovi, neustále posilňovaná adoráciou pred Najsvätejšou Eucharistiou v biskupskej kaplnke. Ďalšou, nemenej výraznou črtou jeho duchovného života, bola veľká úcta k Božskému Srdcu. Už ako bohoslovec v seminári v Budapešti sa zasvätil Božskému Srdcu a neskôr to každé ráno potvrdzoval slovami: „Všetky modlitby, obety a kríže obetujem ako náhradu za hriechy celého sveta!“. Nesmieme zabudnúť, že bol veľkým ctiteľom Matky Božej a ako mariánsky ctiteľ mal vo svojej biskupskej kaplnke obraz Klokočovskej Panny Márie, pred ktorým sa dennodenne modlil a porúčal seba i celú eparchiu pod jej ochranu. 13. apríla 1939 bol menovaný za apoštolského administrátora mukačevskej apoštolskej administratúry na Slovensku. V zložitých podmienkach Slovenského štátu sa jeho osoba stala „tŕňom v oku“ vtedajších vládnych predstaviteľov, a preto sám požiadal o abdikáciu. Avšak Rím – vtedajší Svätý Otec – ocenil jeho snaženia a abdikáciu nielenže neprijal, ale namiesto nej ho menoval za prešovského sídelného biskupa. A tak 8. augusta 1940 bol v Prešove slávnostne intronizovaný a následne 15. januára 1946 potvrdený v jurisdikcii gréckokatolíkov v celom Česko-Slovensku. Ďalší sľubný rozvoj náboženského a duchovného života v eparchii, ktorý sa rozvíjal podľa osobného príkladu a horlivosti biskupa Pavla Gojdiča, bol prerušený vojnovými udalosťami, a najmä nástupom komunistov k moci v roku 1948. Ich ideologické smerovanie predurčovalo boj zvlášť proti gréckokatolíckej cirkvi.
Biskup Gojdič odmietol komunistickou stranou a štátnou mocou podporovanú snahu o prestup gréckokatolíkov na pravoslávie, hoci vedel, že sa tým sám vystaví prenasledovaniu a väzeniu, ba aj smrti. Postupne ho izolovali od duchovenstva a veriacich. Hoci bol vystavený veľkému tlaku, aby sa zriekol katolíckej viery a pretrhol jednotu s pápežom, všetky lákavé ponuky odmietol a vyhlásil: „Mám už 62 rokov a obetujem celý svoj majetok aj rezidenciu, no svoju vieru za žiadnych okolností nezradím, lebo chcem, aby moja duša bola spasená“.
Pri smutne známych okolnostiach Prešovského soboru dňa 28. apríla 1950, ktorým štátna moc postavila gréckokatolícku cirkev mimo zákon a zároveň zakázala jej činnosť, bol biskup Pavol Gojdič zatknutý a internovaný. Začala sa tak jeho krížová cesta mnohými väznicami bývalého Česko-Slovenska, z ktorých ho oslobodila až smrť. V dňoch 11. – 15. januára 1951 vo vykonštruovanom procese s tzv. vlastizradnými biskupmi (Vojtaššákom, Buzalkom a Gojdičom) bol odsúdený na doživotné odňatie slobody, zaplatenie dvestotisíc korún pokuty a odňatie všetkých občianskych práv. Potom nasledovali premiestňovania z jedného väzenia do druhého. Biskup Gojdič bol vystavovaný fyzickému a psychickému nátlaku, bol ponižovaný, musel vykonávať najťažšie a najpodradnejšie práce. Nikdy sa však nežaloval, nežiadal výhody. Každú chvíľu využíval k modlitbe a tajne slúžil sv. liturgie. Na základe amnestie v roku 1953, vydanej prezidentom A. Zápotockým, bol jeho trest zmenený z doživotia na 25 rokov odňatia slobody. Mal vtedy 66 rokov a jeho zdravotný stav sa stále zhoršoval. Ďalšie žiadosti o amnestiu boli zamietnuté. Biskup Pavol Gojdič sa mohol dostať z ťažkého väzenia na slobodu len vtedy, ak by zaprel svoju vernosť Cirkvi a pápežovi. Dostával rôzne ponuky, ako o tom svedčí udalosť, na ktorú si neskôr spomínal takto: Vo väznici v Ruzyni ho v reprezentačnej miestnosti, kde ho doviedli z cely, prijal uniformovaný vysoký dôstojník. Oznámil mu, že z tejto miestnosti pôjde rovno do Prešova, ak je ochotný stať sa patriarchom pravoslávnej cirkvi v Česko-Slovensku. Biskup túto požiadavku odmietol s ospravedlnením, že by to bol strašný hriech proti Bohu, zrada na Svätom Otcovi, na vlastnom svedomí a na veriacich, z ktorých mnohí v tomto čase trpeli.
Aj v najťažších chvíľach bol odovzdaný do Božej vôle, ako o tom svedčia aj jeho slová: „Veru neviem, či by bolo hodno zameniť korunu mučeníctva za dva, či tri roky života na slobode. No ja to ponechám na milého Pána Boha, nech on rozhodne“. Pri príležitosti jeho 70-tín mu do väzenia poslal telegram aj pápež Pius XII. Ubezpečil ho v ňom, že nezabúda na svojho hrdinského syna. Bol to pre otca biskupa skutočne jeden z najkrajších dní vo väzení. Veľkou túžbou biskupa Gojdiča bolo, aby zomrel zaopatrený sviatosťami a v deň svojich narodenín. Obe túžby sa mu splnili. Na nemocničnú izbu v leopoldovskom väzení, kde trávil posledné dni, bol premiestnený otec Alojz Vrána, ktorý ho vyspovedal. Kalich utrpenia biskupa Pavla sa už napĺňal. Očitým svedkom posledných chvíľ jeho života bol jeho spoluväzeň – ošetrovateľ František Ondruška, ktorý o nich zaznamenal jedinečné svedectvo. Potvrdil, že sa splnilo prianie otca biskupa, keď zomrel 17. júla 1960, teda v deň svojich narodenín vo veku 72 rokov. Zomrel vo väzenskej nemocnici v Leopoldove, na následky tam získaných chorôb v dôsledku zlého zaobchádzania. Následne bol pochovaný bez akýchkoľvek pôct na väzenskom cintoríne v hrobe bez mena, pod väzenským číslom 681.
V dôsledku uvoľnenia spoločensko-politických pomerov v Česko-Slovensku v roku 1968 štátne orgány po mnohých prieťahoch dovolili exhumáciu telesných pozostatkov biskupa Gojdiča. Samotná exhumácia sa na leopoldovskom cintoríne uskutočnila 29. októbra 1968 s následným prevezením telesných pozostatkov do Prešova. Rozhodnutím normalizačných úradov po sovietskej okupácii museli byť premiestnené do krypty Gréckokatolíckeho katedrálneho chrámu sv. Jána Krstiteľa v Prešove. Od 15. mája 1990 sa nachádzajú v kaplnke katedrály v sarkofágu. Pri svojej historickej návšteve Slovenska sa Sv. Otec Ján Pavol II. počas návštevy Prešova, 2. júla 1995, pomodlil aj pri hrobe biskupa – mučeníka v kaplnke katedrálneho chrámu
Biskup Pavol Gojdič bol 27. septembra 1990 súdne rehabilitovaný. Vyznamenaný bol in memoriam Rádom T. G. Masaryka II. triedy a Pribinovým krížom I. triedy.
Biskup Pavol Gojdič získal posmrtne v roku 2008 aj najvyššie izraelské vyznamenanie Spravodlivý medzi národmi. Stal sa tak prvým katolíckym biskupom medzi ocenenými. Návrh na túto poctu podal v Jeruzaleme Jossi Steiner, košický rabín. Slávnostný akt odovzdávania titulu sa uskutočnil v nedeľu 27. januára v Bratislave.
Dňa 17. júla 1998 bola v kaplnke Gréckokatolíckeho biskupstva v Prešove oficiálne otvorená diecézna fáza procesu blahorečenia biskupa Pavla Gojdiča.
Biskup Pavol Gojdič bol 4. novembra 2001 Svätým Otcom Jánom Pavlom II. na Svätopeterskom námestí v Ríme vyhlásený za blahoslaveného.